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La política institucional impulsada con la creación del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva (MINCyT), buscó promover en todo el territorio nacional la creación de espacios apropiados para el desarrollo y la ejecución de proyectos de investigaciones científicas, tecnológicas y de desarrollo, orientadas a los requerimientos y necesidades locales y regionales.

En este contexto el CONICET, como organismo descentralizado del Estado Nacional bajo dependencia del Ministerio, comenzó en el año 2006, con la aprobación del Decreto 310/2007, a diseñar una nueva política institucional para la creación y funcionamiento de Centros Científico Tecnológicos a lo largo de todo el país, proponiendo una nueva estrategia de organización de Institutos y Centros de Servicios, así como las condiciones para su creación, permanencia y funcionamiento, con el objeto de integrar la mayor cantidad posible de sus miembros en estas estructuras.

Si bien desde la década del ´80 comenzaron a radicarse gran cantidad de investigadores en las Provincia de Río Negro y Neuquén, teniendo como lugar de trabajo distintas instituciones públicas (como la UNCo, CNEA, APN, INTA, etc.) no fue sino hasta la creación de las dos primeras Unidades Ejecutoras, en el año 2006, que el CONICET logró tener una verdadera presencia institucional en la región.

Un año después de la creación de la UE Bariloche y la UE Neuquén, se modificó por Resolución N° 1960 del Directorio del CONICET, la denominación de la Unidad Ejecutora Bariloche por ¨Instituto de Investigaciones en Biodiversidad y Medio Ambiente¨ (INIBIOMA); y lo mismo ocurrió en el año 2009, cuando bajo Resolución N° 2132, se modificó la denominación de la Unidad Ejecutora Neuquén por ¨Instituto Mutidisciplinario de Investigación y Desarrollo de la Patagonia Norte¨ (IDEPA), actualmente denominada Instituto de Investigación y Desarrollo en Ingeniería de Procesos, Biotecnología y Energías Alternativas (PROBIEN).

Estas dos UEs fueron producto de una iniciativa conjunta entre CONICET y la UNCo que buscaron de esta forma fortalecer el desarrollo de las actividades científicas, tecnológicas, de servicios y transferencia, con el propósito de contribuir al desarrollo de la región de la Patagonia Norte.

Recién en el año 2009, luego de casi dos años de conflictos políticos que impidieron la elección del Rector/a de la UNCo y luego de normalizada la situación de sus claustros y equipos de gestión, el CS de la UNCo ratificó el Convenio firmado con CONICET y el Directorio de CONICET puso formalmente en funcionamiento el CCT Patagonia Norte (el cual se llamó en sus inicios Comahue), designado a la Dra. María Rosa Giraudo primero como Directora Interina y luego como Directora Titular del CCT.

Desde entonces, el CONICET Patagonia Norte ha orientado su accionar a plasmar la nueva estrategia de administración de recursos humanos y materiales de CONICET en la región, buscando impulsar la creación de nuevas Unidades Ejecutoras de bipertenencia con Universidades Nacionales, profundizando la articulación de estrategias de desarrollo con aquellas instituciones de Zona de Influencia que albergan gran cantidad de Investigadores y Becarios del CONICET, y fomentando la vinculación y la transferencia de conocimientos y tecnologías entre los diversos sectores socio-productivos y el sector científico tecnológico.

En los años subsiguientes se han creado nuevas unidades ejecutoras de bipertenencia compartidas con:

-La UNRN: Instituto de Investigaciones en Diversidad Cultural y Procesos de Cambio (IIDyPCA), creado en el año 2011, con sede en la ciudad de S.C. de Bariloche.

-La UNPSJB: Centro de Investigación Esquel de Montaña y Estepas Patagónicas (CIEMEP), creado en el año 2013, con sede en la ciudad de Esquel.

-La UNCO: Centro de Investigaciones en Toxicología Ambiental y Agrobiotecnología del Comahue (CITAAC), creada en el año 2015, con sede en la ciudad de Neuquén.

Actualmente se continúa adelante con una nutrida agenda de propuestas y se espera la pronta creación de nuevas UE en diversas líneas de investigación.